Geneious

Geneious bietet Molekularbiologen eine grafische Arbeitsumgebung für Aufgaben, die sonst Befehlszeilenwerkzeuge erfordern würden. Forschende importieren Sequenzdaten von Sequenziergeräten oder aus Datenbanken und können sie anschließend in einer visuellen Oberfläche ansehen, abgleichen, annotieren und vergleichen. Geneious unterstützt de-novo-Assemblierung und das Zuordnen von Sequenzfragmenten zu Referenzen, den Aufbau phylogenetischer Bäume, Primerdesign und die Planung von Klonierungsexperimenten. Ein Labor kann damit viele Routineaufgaben in einem Programm erledigen.

Ein Plug-in-System ergänzt Algorithmen und Arbeitsabläufe, etwa Werkzeuge zur Antikörperentdeckung, Metagenomik und Variantenanalyse. Ergebnisse lassen sich über eine Funktion zur Zusammenarbeit teilen. Ein Serverprodukt ermöglicht Teams die Arbeit mit gemeinsamen Datenbanken. Die Software gehört zu Dotmatics, das auch andere Werkzeuge für wissenschaftliche Forschung und Entwicklung besitzt. Maschinelles Lernen kommt in bestimmten Werkzeugen und Plug-ins zum Einsatz, nicht als allgemeiner Assistent.

Geneious wird als kostenpflichtige Lizenz in den Editionen Prime und Biologics verkauft. Es gibt Preise für Hochschulen und Einzelpersonen sowie eine kostenlose Testphase. Für Menschen ohne Programmiererfahrung ist es einfacher als Befehlszeilen-Pipelines, aber weniger flexibel als Skripte in Python oder R. Sehr große Datensätze lassen sich besser auf einem Server oder in der Cloud verarbeiten. Zu den Wettbewerbern gehören CLC Genomics Workbench von Qiagen, SnapGene fürs Klonen, Benchling für Zusammenarbeit in der Cloud und kostenlose Werkzeuge wie MEGA und UGENE. Geneious ist in akademischen Laboren und Biotech-Unternehmen beliebt.