Nextflow

Pipelines werden als miteinander verbundene Prozesse geschrieben und können auf Laptops, Clustern oder Cloud-Diensten laufen. Container sorgen für einheitliche Softwareversionen. Die nf-core-Community veröffentlicht getestete Pipelines für häufige Analysen.

Seqera, das Unternehmen hinter Nextflow, verkauft gehostete Werkzeuge. Für Menschen ohne Workflow-Erfahrung hat die Sprache eine Lernkurve.

Snakemake und Galaxy sind Alternativen. Nextflow eignet sich für Bioinformatiker:innen, die Pipelines in großem Maßstab ausführen.