RoseTTAFold
Offene Vorhersage von Proteinstrukturen aus dem Baker-Labor
RoseTTAFold sagt voraus, wie sich eine Aminosäurekette zu einem dreidimensionalen Protein faltet. Die Form eines Proteins hilft Forschenden zu verstehen, welche Funktion es erfüllt und wie es mit Wirkstoffen adressiert werden kann. Das Modell wurde am Institute for Protein Design und an der University of Washington etwa zeitgleich mit AlphaFold entwickelt und verwendete ein vergleichbares Verfahren mit einem neuronalen Netz aus drei Informationssträngen.
Daraus entstand eine Werkzeugfamilie. RoseTTAFold All-Atom modelliert Komplexe mit kleinen Molekülen, DNA und weiteren Bestandteilen. RFdiffusion erzeugt neue Proteinrückgrate für Designaufgaben wie Bindungsproteine und Enzyme. Diese Werkzeuge unterstützen den Wandel von der Vorhersage existierender Proteine zur Entwicklung neuer Proteine, mit Anwendungen in Medizin und Materialwissenschaften.
Code und Modelle sind über GitHub und einen Webserver für Forschung verfügbar; Lizenzbedingungen unterscheiden sich je Version. Vorhersagen benötigen experimentelle Validierung. Die Ausführung erfordert Rechenressourcen und Fachkenntnisse. Alternativen sind AlphaFold, ESMFold, OpenFold, Boltz und Chai. RoseTTAFold eignet sich für Strukturbiologen und Proteindesigner.