Geneious

Geneious ofrece a los biólogos moleculares un entorno gráfico para un trabajo que, de otro modo, requeriría herramientas de línea de comandos. Los investigadores importan datos de secuencias de secuenciadores o bases de datos, y después los ven, alinean, anotan y comparan en una interfaz visual. Admite ensamblaje de novo y mapeo de lecturas sobre una referencia, construcción de árboles filogenéticos, diseño de cebadores y planificación de experimentos de clonación, de modo que un laboratorio puede hacer muchas tareas rutinarias en un solo programa.

Un sistema de plugins lo amplía con algoritmos y flujos de trabajo adicionales, entre ellos herramientas para descubrimiento de anticuerpos, metagenómica y análisis de variantes. Los resultados se comparten con una función de colaboración, y un producto de servidor permite a los equipos trabajar con bases de datos comunes. El software forma parte de Dotmatics, que también posee otras herramientas científicas de I+D. El aprendizaje automático aparece en herramientas y plugins concretos, no como un asistente general.

Geneious se vende con licencia de pago en las ediciones Prime y Biologics, con precios para uso académico e individual, y una prueba gratuita. Es más fácil para quien no programa que los pipelines de línea de comandos, pero menos flexible que usar scripts en Python o R, y los conjuntos de datos muy grandes se manejan mejor en un servidor o un flujo de trabajo en la nube. Entre los competidores están CLC Genomics Workbench de Qiagen, SnapGene para clonación, Benchling para colaboración en la nube y herramientas gratuitas como MEGA y UGENE. Geneious es popular en laboratorios académicos y empresas de biotecnología.