AlphaFold 3

AlphaFold 3 est un modèle de prédiction de structure que Google DeepMind et Isomorphic Labs ont publié en mai 2024. Il étend AlphaFold 2, limité aux protéines, à un éventail bien plus large de molécules biologiques. Au lieu de prédire seulement le repliement des protéines, il modélise ensemble des complexes qui contiennent des protéines, de l’ADN, de l’ARN, des ligands à petite molécule, des ions et des résidus modifiés chimiquement, avec une architecture revue autour d’un module appelé Pairformer. On peut ainsi demander, en une seule prédiction, comment une molécule candidate de médicament pourrait se lier à une protéine, ou comment une protéine interagit avec un brin d’ARN, sans coller plusieurs outils bout à bout.

DeepMind a mis le modèle à disposition via l’AlphaFold Server gratuit pour la recherche non commerciale, puis, en novembre 2024, a aussi publié le code et les poids pour un usage académique. L’usage commercial passe toujours par Isomorphic Labs. AlphaFold 3 est largement utilisé en biologie structurale et dans les premières étapes de la découverte de médicaments. Il prolonge le travail antérieur de DeepMind sur la prédiction de structure des protéines, récompensé par un prix Nobel, vers le champ plus large des interactions moléculaires qui portent l’essentiel de la conception de médicaments et de la recherche sur les maladies.