Geneious

Geneious donne aux biologistes moléculaires un environnement graphique pour un travail qui demanderait sinon des outils en ligne de commande. Les chercheurs importent des données de séquence depuis des séquenceurs ou des bases, puis les voient, les alignent, les annotent et les comparent dans une interface visuelle. Il prend en charge l’assemblage de novo et le mapping de reads sur une référence, la construction d’arbres phylogénétiques, le design d’amorces et la planification d’expériences de clonage, donc un labo peut faire beaucoup de tâches de routine dans un seul programme.

Un système de plugins l’étend avec des algorithmes et des flux supplémentaires, dont des outils pour la découverte d’anticorps, la métagénomique et l’analyse de variants. Les résultats se partagent via une fonction de collaboration, et un produit serveur permet aux équipes de travailler avec des bases communes. Le logiciel fait partie de Dotmatics, qui possède aussi d’autres outils de R&D scientifique. Le machine learning apparaît dans des outils et plugins précis plutôt que comme assistant général.

Geneious se vend comme licence payante en éditions Prime et Biologics, avec des tarifs académiques et individuels, et un essai gratuit. Il est plus simple pour les non-programmeurs que des pipelines en ligne de commande, mais moins souple que le scripting en Python ou R, et les très grands jeux de données se traitent mieux sur un serveur ou un flux cloud. Les concurrents incluent CLC Genomics Workbench de Qiagen, SnapGene pour le clonage, Benchling pour la collaboration cloud, et des outils gratuits comme MEGA et UGENE. Geneious est populaire dans les labos académiques et les entreprises de biotech.