Nextflow

Les pipelines s’écrivent comme des processus reliés par des canaux, et tournent sur des portables, des clusters ou des services cloud. Les conteneurs gardent les versions logicielles cohérentes. La communauté nf-core publie des pipelines testés pour des analyses courantes.

Seqera, l’entreprise derrière, vend des outils hébergés. Le langage a une courbe d’apprentissage pour les gens nouveaux dans les workflows.

Snakemake et Galaxy sont des alternatives. Nextflow convient aux bioinformaticiens qui font tourner des pipelines à l’échelle.