AlphaFold 3

AlphaFold 3は、Google DeepMindとIsomorphic Labsが2024年5月に公開した構造予測モデルです。タンパク質だけを扱っていたAlphaFold 2を、はるかに幅広い生体分子に広げました。タンパク質の折りたたみだけでなく、タンパク質、DNA、RNA、低分子リガンド、イオン、化学修飾を受けた残基を含む複合体をまとめてモデル化します。アーキテクチャはPairformerというモジュールを中心に作り直されています。研究者は、候補の薬剤分子がタンパク質にどう結合するか、タンパク質がRNA鎖とどう相互作用するかを、別々のツールをつなぎ合わせず1回の予測で調べられます。

DeepMindは、非商用の研究向けに無料のAlphaFold Serverでモデルを公開し、2024年11月には学術利用向けにコードと重みも公開しました。商用利用はIsomorphic Labs経由です。AlphaFold 3は構造生物学や創薬の初期段階で広く使われています。DeepMindがノーベル賞を受けたタンパク質構造予測の成果を、創薬や疾患研究の大半を左右する分子間の相互作用へと広げました。