AlphaFoldが取り組んだのは、生物学者が50年かけてきた問題です。アミノ酸の鎖が、どのように折りたたまれて立体的なタンパク質になるかを予測することです。形が機能を決めるので、構造がわかると、病気の理解、薬の設計、酵素の設計に役立ちます。AlphaFoldの前は、構造を決めるのにX線結晶構造解析のような費用のかかる実験が必要で、何か月も何年もかかることがありました。AlphaFoldは多くの構造を、実験結果にしばしば近い精度で予測します。
European Bioinformatics Instituteと共同で運営するAlphaFold Protein Structure Databaseは、膨大な数のタンパク質の予測構造を、世界中の研究者に無料で提供しています。後のバージョンは、タンパク質がDNA、RNA、薬に似た小さな化合物などの分子と、どう相互作用するかを予測します。この仕事は関係者にノーベル化学賞をもたらし、コードとモデルは研究用途で使えるように公開されています。
AlphaFoldは、データベースと公開コードを通じて研究用途では無料で使え、最新モデルの商用利用には一部制限があります。予測は実験ではなくモデルであり、信頼度はタンパク質の中でも場所によって違い、柔軟な領域や構造が定まらない領域では特にそうです。関連するツールにはRoseTTAFold、ESMFold、Boltz、そしてIsomorphic Labsの創薬の仕事があります。AlphaFoldは構造生物学の土台になるツールで、多くの科学向けプラットフォームに載っています。