パイプラインは、チャネルでつないだプロセスとして書き、ノートPC、クラスタ、クラウドサービスのどこでも実行できます。コンテナによって、ソフトウェアのバージョンが揃います。nf-coreコミュニティは、よくある解析向けにテスト済みのパイプラインを公開しています。
開発元のSeqeraは、ホスト型のツールを販売しています。ワークフローに不慣れな人にとって、この言語には学習の壁があります。
代替にはSnakemakeとGalaxyがあります。Nextflowは、パイプラインを大規模に動かすバイオインフォマティシャン向けです。